Cardfight!! Vanguard Link Joker

Environ 6 mois après la fin du Vanguard VF Circuit, Aichi Sendou est transféré à la Miyoji Academy pour sa graduation au lycée.
Pour le début de cette nouvelle saison, il rencontre Naoki Ishida et Shingo Komoi, ses nouveaux camarades de classe, retrouve Misaki Tokura, sa partenaire dans la Team Q4 et apprend l’arrivée de Kourin Tatsunagi dans sa classe.
Se voyant obligé de s’inscrire à l’un des clubs de l’établissement, et ne sachant que faire, il se décide à monter un club de Cardfight!! Vanguard avec tout ses amis… cependant, le Conseil des Etudiants considère ce club comme étant d’une mauvaise influence dans l’école et s’oppose à son existence…
Ils devront faire face à de multiples défis et se confronter à un nouveau tournoi : celui des écoles du Japon.